Шейбаниды
В 1500–1507 годах Мухаммад Шейбани-хан овладел землями Тимуридов и основал в Мавераннахре новую династию. Столицей Шейбанидов был сначала Самарканд, затем Бухара. Особенно при Абдулла-хане II (1557–1598) государство вновь объединилось, на дорогах строились караван-сараи, сардобы и мосты. Медресе Мири-Араб (1535–1536) и Кукельдаш, торговые купола и Кош-медресе в Бухаре, медресе Кукельдаш и Барак-хана в Ташкенте — образцы архитектуры той поры. С этой эпохой связано и широкое распространение в регионе этнонима «узбек». При Шейбанидах развивалась историография: «Абдулла-наме» Хафиза Таныша Бухари — одна из самых известных хроник эпохи.
Три ханства
В XVI–XVIII веках в регионе сложились три государства. В Бухаре после Шейбанидов правили Аштарханиды (XVII век), а с середины XVIII века — Мангыты; с 1785 года их правители носили титул эмира, и государство называют Бухарским эмиратом. В Хорезме существовало Хивинское ханство, где с 1511 года правили Арабшахиды, а с 1804 года — Кунграты. В 1709 году в Ферганской долине обособилось Кокандское ханство, в начале XIX века подчинившее и Ташкент. В 1740 году иранский правитель Надир-шах ненадолго завоевал Бухару и Хиву. Ханства часто воевали между собой.
Торговля, общество и культура
С открытием морских путей значение Великого шёлкового пути упало, но караванная торговля с Россией, Индией, Ираном и Китаем продолжалась. Бухарские медресе привлекали учеников со всего мусульманского Востока. Вместе с тем на рынках Хивы и Бухары до XIX века сохранялась работорговля, в основном пленниками из Ирана. В литературе творили Бабарахим Машраб, поэты кокандского двора — Умар-хан, Надира, Увайси, в Хиве — историк и поэт Абулгази-хан, Мунис и Огахи. Основой городской жизни были ремёсла — гончарство, вышивка, золотое шитьё, резьба по дереву и ганчу, шелкоткачество.
Архитектура: Регистан, Ляби-Хауз, Ичан-Кала
В XVII веке самаркандский Регистан с медресе Шердор (1619–1636) и Тилля-Кари (1646–1660) приобрёл нынешний облик, в Бухаре появился ансамбль Ляби-Хауз. В XIX веке хивинская Ичан-Кала пополнилась дворцом Таш-Хаули, медресе Аллакули-хана и Мухаммад Амин-хана, минаретом Кальта-Минор; в Коканде построены Джума-мечеть Умар-хана (1812) и позднее дворец Худояр-хана. Большая часть исторических центров, которые сегодня видят путешественники, относится именно к этой эпохе.
Россия приближается
В середине XIX века Средняя Азия стала ареной «Большой игры» Британской и Российской империй; в 1842 году в Бухаре казнили британских офицеров Стоддарта и Конолли. В 1850–1860-х годах русские войска продвигались вдоль Сырдарьи на юг и в 1865 году взяли Ташкент. Взятие Самарканда и протекторат над Бухарой в 1868 году завершили самостоятельный этап эпохи ханств. Вскоре Хива (1873) стала протекторатом России, а Кокандское ханство в 1876 году было упразднено.