Shayboniylar
1500–1507-yillarda Muhammad Shayboniyxon temuriylar davlatini egallab, Movarounnahrda yangi sulolaga asos soldi. Shayboniylar avval Samarqandni, soʻngra Buxoroni poytaxt qildi. Ayniqsa Abdullaxon II davrida (1557–1598) davlat qayta birlashdi, yoʻllarga karvonsaroylar, sardobalar va koʻpriklar qurildi. Buxorodagi Mir Arab madrasasi (1535–1536), Koʻkaldosh madrasasi, savdo toqlari, Qoʻsh madrasa, Toshkentdagi Koʻkaldosh va Baroqxon madrasalari shu davr meʼmorchiligining namunalari. «Oʻzbek» atamasining mintaqada keng tarqalishi ham shayboniylar davri bilan bogʻliq. Shayboniylar davrida tarixnavislik rivojlandi: Hofiz Tanish Buxoriyning «Abdullanoma» asari davrning eng mashhur solnomalaridan biri.
Uch xonlik
XVI–XVIII asrlarda mintaqada uch davlat qaror topdi. Buxoroda shayboniylardan keyin ashtarxoniylar (XVII asr), XVIII asr oʻrtalaridan esa mangʻitlar hukm surdi; 1785-yildan amirlar unvonini olgani uchun davlat Buxoro amirligi deb ataldi. Xorazmda 1511-yildan arabshohiylar, 1804-yildan qoʻngʻirotlar sulolasi boshqargan Xiva xonligi mavjud edi. 1709-yilda Fargʻona vodiysida Qoʻqon xonligi ajralib chiqdi va XIX asr boshida Toshkentni ham boʻysundirdi. 1740-yilda Eron hukmdori Nodirshoh Buxoro va Xivani vaqtincha bosib oldi. Xonliklar oʻzaro tez-tez urushib turgan. Qoʻqon xonligi Olimxon va Umarxon davrida kuchayib, Sirdaryo boʻylab Qozogʻiston dashtlarigacha kengaygan.
Savdo, jamiyat va madaniyat
Dengiz yoʻllarining ochilishi bilan Buyuk Ipak yoʻlining ahamiyati pasaydi, biroq karvon savdosi Rossiya, Hindiston, Eron va Xitoy bilan davom etdi. Buxoro madrasalari butun musulmon Sharqidan talabalarni jalb qilgan. Shu bilan birga, Xiva va Buxoro bozorlarida asosan Erondan keltirilgan qullar savdosi XIX asrgacha saqlanib qolgan edi. Adabiyotda Boborahim Mashrab, Qoʻqon saroyi shoirlari — Umarxon, Nodira, Uvaysiy, Xivada tarixchi va shoir Abulgʻoziy Bahodirxon, Munis va Ogahiy ijod qildi. Kulolchilik, kashtachilik, zardoʻzlik, yogʻoch va ganch oʻymakorligi, ipak toʻqish shahar hayotining asosini tashkil etgan.
Meʼmorchilik: Registon, Labihovuz, Ichan qalʼa
XVII asrda Samarqanddagi Registon maydoni Sherdor (1619–1636) va Tillakori (1646–1660) madrasalari bilan bugungi qiyofasini oldi, Buxoroda Labihovuz ansambli barpo etildi. XIX asrda Xivaning Ichan qalʼasi Toshhovli saroyi, Olloqulixon va Muhammad Aminxon madrasalari, Kalta minor bilan toʻldi; Qoʻqonda Umarxon jome masjidi (1812) va keyinroq Xudoyorxon saroyi qurildi. Bugun sayohatchilar koʻradigan tarixiy shahar markazlarining katta qismi aynan shu davrga mansub.
Rossiya yaqinlashadi
XIX asr oʻrtalarida Oʻrta Osiyo Britaniya va Rossiya imperiyalarining «Katta oʻyin» maydoniga aylandi; 1842-yilda Buxoroda ingliz ofitserlari Stoddart va Konolli qatl etildi. 1850–1860-yillarda rus qoʻshinlari Sirdaryo boʻylab janubga siljib, 1865-yilda Toshkentni egalladi. 1868-yilda Samarqandning olinishi va Buxoroning protektoratga aylanishi xonliklar davrining mustaqil bosqichini yakunladi. Koʻp oʻtmay Xiva (1873) Rossiya protektoratiga aylandi, Qoʻqon xonligi esa 1876-yilda tugatildi.